La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs. La présidence de Transition Pro Guadeloupe est actuellement assurée par André JABOL, représentant du MEDEF, qui exerce les fonctions de président, et par Marlène FOGGEA, représentante de la CFDT, qui occupe le poste de vice-présidente.
Le réseau des 17 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.