La gouvernance de Transitions Pro est assurée par un conseil d’administration paritaire composé de représentations syndicales employés et employeurs. La Présidence de Transitions Pro Guadeloupe est actuellement pilotée par André JABOL, représentant du MEDEF, et le vice-président par Marlène FOGGEA, représentante de la CFDT.
Le réseau des 17 Transitions Pro est coordonné par Certif’Pro, l’association nationale pour la certification paritaire interprofessionnelle et l’évolution professionnelle.